万州烤鱼一般都是用的草鱼，草鱼肉多刺少，非常适合用来做烤鱼。

制作万州烤鱼除了可用草鱼外，还可以选用鲤鱼、鲫鱼、花鲢、白鲢、 鱼、鳜鱼、鲈鱼等，不过在对鱼进行初加工时，均要求从鱼身背部肉厚处片开成相连的两半，这是为鱼肉的成熟度和入味度均匀。