一级学科下自主设置的目录外二级学科指的是，在某个一级学科里，还有一些比较交叉学科或者新的研究方向，国家教育部没有全面承认，而高校已经开始研究比如清华大学的控制科学与工程（自动化）这个一级学科下面就自主设置了生物信息学这个二级学科拿到的硕士毕业证也是被社会机构承认的。