上海交大是国家211工程、985工程、C9联盟。

截至2017年12月，学校共有29个学院/直属系，24个研究院，13家附属医院，2个附属医学研究所，12个直属单位，6个直属企业。上海交通大学研究生院医学院分院是原上海第二医科大学与上海交通大学于2005年7月正式合并之后，由原上海第二医科大学研究生院更名而来。