学校创办于1934年，时名湖南国医专科学校，1960年改建为普通高等本科学校湖南中医学院，1979年成为全国首批取得中医类研究生学历教育资格的院校，1990年原湖南科技大学成建制并入湖南中医学院，2002年与湖南省中医药研究院合并（2022年省中医药研究院恢复独立建制），2006年经教育部批准更名为湖南中医药大学。

学校的前身是始建于1959年的株洲卫生学校，1987年改建为株洲中医学校，1989年更名为湖南省中医药学校，1998年晋升省级重点中专，2004年在原湖南省中医药学校的基础上设置湖南中医药高等专科学校。