山东理工职业学院和菏泽职业学院都是山东省内较为知名的职业学院，两所学院各有特色和优势。

山东理工职业学院注重工科学科的培养，有着雄厚的工科教学资源和专业师资队伍；而菏泽职业学院则更加注重农林科技和生物科学的教育与培养，具有良好的大学生创新创业立体训练平台。同时，两所学院的师资力量、教学设备、校园环境等方面都有着一定的差异和亮点。选择学院需要根据个人的职业发展方向和兴趣爱好作出选择。