两者有着本质上的区别，工程管理是对一个工程从概念设想到正式运营的全过程（具体工作包括：投资机会研究、初步可行性研究、最终可行性研究、勘察设计、招标、采购、施工、试运行等）进行管理。

如房地产开发，水利工程等。再简单一点就是造一个小区，从投资分析到执行建设等一系列的工作就必须要有工程管理的知识和经验。工业工程是生产系统的设计和优化，以提高生产效率和降低成本为主要目标。目前主要应用在制造型企业中，主要为企业降低生产成本和提高生产效率。

前者指厂房、设备等工业领域的工程建设和相关管理，后者泛指民用工程、工业工程、水利水电工程、道路交通工程等等各类型工程的管理