南京云锦图案的题材广泛，既有大朵缠枝花卉，又有各种动物（如龙凤、仙鹤、狮子等）和植物（如宝相花、莲花佛手、石榴、梅、兰、竹、菊等），还有表示吉祥的“八宝”、“暗八仙”、“吉祥”、“寿”字等。

在配色方面，则运用了色晕与调和的技法，使纹样色彩美丽动人。南京云锦制造的主要特点是“挑花结本”，用古老的绳索绳记事的方法，把花纹图案色彩转变成程序语言，再上机进行织造，实际上是一种以线为材料进行储存纹样程序的创作设计过程。