档案在单位和档案不在单位的有着根本上区别的，这涉及到职工在职的归属问题。

档案在单位的，由于职工档案归所属单位管理，是单位的正式职工，工作的分配和待遇按正式职工管理和安排。档案不在单位的，不属于单位的正式职工，比如临时工，合同工等，其管理办法与正式工不同。