以学科建设事实说话。

杭州电子科技大学目前的一级学科博士点学科有：控制科学与工程、电子科学与技术、计算机科学与技术；合肥工业大学的一级学科博士点学科有：很明显综合实力合肥工业大学比杭州电子科技大学强不少，不过合肥工业大学没有电子科学与技术的博士点，所以但从学科实力来说，你说的专业还是杭州电子科技大学更强。

从大学排名的角度对比，合肥工业大学要比杭州电子科技大学更好一些。在2022年全国最好大学排名中，杭州电子科技大学排第94名。合肥工业大学排第83名。