长江海事局是正厅级行政部门，负责长江干线沿线船舶船员航运安全等的管理工作。

长江公安是副厅级行政执法部门，负责长江沿线的治安工作。侧重点不同。

长江海事局是主管水上交通安全的部门，类似于陆上交警；而长江航运公安局则是负责水上治安管理的部门；两者管理的对象、职责都不一样。