上海海关学院和南京审计大学比较，上海海关学院要好于南京审计大学，虽然上海海关学院不是985和211重点大学，但上海海关学院是中国海关总署和上海市共建的重点院校，其院校专业性强，其本身的特殊性是其他的院校不可替代的，并且毕业就业到海关就是国家公务人员是很多人羡慕的职业，南京审计大学也很好，毕业就业如果是在国家机关也是很好的，如果是在侓师事务所，收入也是很好的，总之两个院校都很好。

南京审计大学好，截至2020年3月，南京审计大学占地面积2178亩，建有浦口、莫愁两个校区；设有17个专业学院（教学部），设有35个本科专业；有7个一级学科硕士学位授权点，8个硕士专业学位授权点；有全日制在校本科生、研究生、留学生共1.6万余名；专任教师1100余人。