旗山校区是福州大学的主校区，地址在闽侯大学城。

目前，福州大学多数老师和学生都在该校区。该校区面积很大，校园也是一等一的漂亮。校门口就有通往城区的地铁，所以交通也很方便。晋江校区只能算福州大学的一个分校，仅开设了部分专业。