助理工程师与中级职称的主要区别是职称资格等级的层次不一样的。

因为根据国家人力资源和社会保障部职业技能评定部门的相关规定，把职称资格等级分为，初级职称，中级职称和高级职称三个等级层次。助理工程师职称是属于初级职称资格等级，而工程师就是中级职称了。所以助理工程师和中级职称是正职称资格等级上的不一样。

助理工程师是个技术总称或是个职务，职称是个初级。中级职称主要工资待遇和技术职称，两者之间的主要区别是中级职务工资要高于助理工程师。