南山建工村到深圳东站的距离大约是20公里左右，乘坐出租车的话，一般需要30-40分钟左右的时间（具体时间会根据交通状况而有所变化）。

如果是在高峰时段或者遇到交通拥堵，可能需要更长的时间。建议提前预留充足的时间，以免耽误行程。