实行政教分离的原则主要包括：

国家与宗教一律分开，不扶持、不干预任何特定宗教；教育与宗教一律分开，不允许宗教渗透和影响教育内容和教学活动；政府不设宗教事务部门，但保障公民的宗教自由权利；宗教团体需遵守国家法律法规，不能违背国家利益和社会公共利益。

实行政教分离的原则是，任何宗教都没有超越宪法和法律的特权，都不能干预国家行政、司法和教育等国家职能的实施。