北医系统好。

两者区别如下:

1、学校名称不同。北医一般指北京大学医学部，首都医科大学是北京市人民政府、国家卫生健康委员会、教育部共建院校，是北京市重点高等院校、国家首批“卓越医生教育培养计划”试点高校。北京大学医学部是中国政府教育部依靠中国自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立学校。

2、学校属性不同。北京大学医学部是双一流 ，985、211 ，医学“双一流”建设联盟学校。首都医科大学是北京市重点高等院校（1986） ，北京市人民政府、国家卫生健康委员会、教育部共建院校（2015年） ，卓越医生教育培养计划项目试点高校（2012）。

北医系统好一些。

北医系统指北京大学医学院，它是属于国家教育部领导的院校，而首医是指首都医科大学，它是属于北京市领导的大学，这两所大学都很好，都是我们国家培养人才摇篮，是高考学子们追求的理想学校，无论哪所大学只要能考入，就是高才生了。