自然、政治、社会原因损坏。

自然原因：曲阜孔庙中的石碑历史悠久，几乎贯穿整个帝制时代，在漫长的历史中许多历史久远的石碑会受到自然侵蚀。政治原因：政治原因是石碑受到破坏的主要原因！在历史时期由于政治原因孔庙石碑就遭到过破坏。曲阜孔庙内有一通明代弘治皇帝所立御碑，因为碑文中有“金元入主中国，纲常扫地之时”一语而惹怒乾隆皇帝，遂下令拆毁了弘治石碑的碑亭。但是最重要的一次破坏是因为在文革和批林批孔中，孔子被批判，孔子墓这样的文物文化遗产也成了造反派发泄的对象，而遭到破坏。社会原因：主要是由于社会动荡，战乱，流寇而使文物受到破坏。现在的曲阜城，就是明代为了保护孔庙，而“移城卫庙”才迁到现址的。

是因为在文革和批林批孔中，孔子被批判，孔子墓这样的文物文化遗产也成了造反派发泄的对象，而遭到破坏。

第一个原因是“大地震”造成的，清朝康熙七年6月17日(1668年7月25日)发生强烈大地震，山东省曲阜地区刚好是位于震中心范围，导致孔子墓碑被破坏，第二个原因就是“文化大革命”时期，因为“破四旧”运动孔子墓碑被人为损坏