没有区别，全部都一样，只不过一个属于市级部门，一个属于区、县级部门。

在市工商局注册的企业、个体公司商户在市级社保经办机构进行参保，在区、县工商局注册的企业、个体公司商户在市下属的区、县级社保经办机构进行参保社会保险按照属地原则进行参保登记。你的用工单位为开发区企业则在开发区登记缴纳社保，市、区社保在政策上没有太大差异。你反映的多账户问题可能是你在开发区和市直都有户头造成的。在同一统筹区的参保户头可以合并，不在同一统筹区的参保户头应该进行社会保险关系转移。建议你将市直的社保关系转移至开发区。