深圳13号线工程复杂，涉及穿越多座山体、河流和既有线路，工程难度较大。

此外，该线路还采用了先进的隧道掘进技术和车辆系统，需要进行大量的试验和调试工作。同时，项目沿线地质条件复杂，施工过程中不可避免地会遇到地下水涌入、地质灾害等问题，需要采取相应的应对方案，这也会延长工期。