按照矿区的煤层，一般是从上到下自然编号。

在不同矿区之间，煤层编号并不是统一的。如在河北南部矿区的9号煤层，与山西15号煤是基本对应的。有时候，在一个煤层位置有一组煤层，如普遍意义上的一号煤层位置，分岔成两层煤时，分别叫做1号上、1号下。