这两个专业其实也无法比较哪个更好一些。

制药工程以后的发展方向多为制药企业中的QC、QA、生产、研发、设备等；而药学系则是更多的倾向于医院、诊所等机构所设立的药房之类。个人觉得这个专业的选择就像网游中的转职，无所谓最强职业，只要符合你所期望的发展方向的，就是好职业