原因主要包括：

1、地理位置和经济发展水平不同。

上海交大位于国际性大都市上海，更容易吸引优秀的师资和生源。上海作为经济发达地区，能为学校提供更多的经费和产学研合作机会，而西安交大虽然也位于重要城市西安，但在吸引优秀人才和资金方面相对较弱。

2、政策支持和经费预算不同。上海交大获得的政策支持和经费预算普遍高于西安交大，这在科研资源和硬件设施方面体现得尤为明显。

3、合并和发展不同。

2000年后，上海交大通过合并上海第二医科大学等院校，实力大增，进一步拉大了与西安交大的差距。西安交大在同期由于没有合并到优质院校，加上陕西财政的限制，发展相对滞后。