蓝藻水华暴发是湖泊污染的重要标志，是湖泊富营养化的直观表征。

工业废水和城镇生活污水的大量排放，农业面源氮、磷的严重流失，产生了大量的有机污染物，这些污染物随着入湖径流直接或间接进入湖泊，造成湖水污染物含量快速增加。由于浮游藻类对环境变化敏感和演替周期短的特点，每当环境中氮、磷等营养物质增加并达到一定程度后，喜肥水的蓝藻类特别是微囊藻生长繁殖加速，藻体数量增多，造成水体透明度低，不仅抑制了其他藻类生长繁殖，而且自身生存空间也越来越小，一部分藻细胞死亡，死亡的藻细胞在胶体形成期彼此粘连，到胶体老化期粘连的团块比重降低，上浮水面呈现蓝绿色或黄褐色的水华。在全国五大淡水湖中，蓝藻“水华”的暴发以太湖、巢湖相对明显。