①两者含义不同，主要矛盾是指在复杂的事物发展过程中，有许多矛盾存在，处于主导地位，对事物发展起决定作用的矛盾。

内因是事物的内部矛盾，是事物发展的根本原因。

②两者的对立面不同，主要矛盾对应的是次要矛盾。内因对应的则是外因。

内因不决定外因,内因决定的是事物的变化.一个事物的主要矛盾就是指这个矛盾,内因的主要矛盾也就只内因的主要矛盾.在提到事物最根本的矛盾才是内因的主要矛盾