在秦淮区，南京航空航天大学校本部在中山东路路西属秦淮区，在仙林大学城也有校区，江苏省溧阳市也有校区。

南航二级学院金城学院也在仙林大学城。

南京航空航天大学本部校区在南京市秦淮区。