中国科学院亚热带农业生态研究所，其前身是中国科学院桃源农业现代化研究所，成立于1978年6月19日。

研究所学科方向为亚热带复合农业生态系统生态学，重点开展农业生态系统格局与过程调控、畜禽健康养殖与农牧系统调控技术和作物耐逆境分子生态学机理及其品种选育等三个方面的研究。