不合并。

因为山东自考的规定是每个学科只有一次考试机会，每次考试只发一张准考证，所以如果在同一学科中取得了两张准考证，那么只能选择其中一张参加考试，而不能合并两个准考证的成绩进行计算。在考试过程中，考生需要仔细阅读考试规定和要求，遵守考试纪律，以保证成绩的真实性和可信度。同时，通过考试还可以提高自己的专业技能和知识水平，对未来的职业发展和学术研究都有积极的作用。