南京科学院是中国科学院的派出机构，由中国科学院计算所与南京市政府联合举办的事业法人单位。

它负责联络和协调中国科学院在苏赣两省的研究所，协助做好各单位领导干部队伍建设，指导党建、纪检和监察工作，负责苏赣两省的院地合作和中科院院士联络。南京分院位于南京市，1950年中国科学院接管原中央研究院在南京的科研单位，成立中国科学院华东办事处。