昌吉学院体育与健康学院创建于1972年原昌吉师范学校体育教研组，1985年更名为昌吉师范高等专科学校体育教研室，1996年组建体育系，2001随着学校升格为本科院校成立昌吉学院体育系，2022年成立二级学院更名为体育与健康学院，目前有体育教育、社会体育指导与管理、体育旅游三个本科专业，一个体育保健与康复专科专业。