免费留学日本的方法主要有以下几种：

申请日本政府或大学的奖学金

了解免学费留学的资格和条件，如来自发展中国家或地区、具有优秀的学术成绩和语言能力、财务状况需要得到特别关注、遵守日本法律和校规。

选择适合自己的留学课程，如本科生、硕士生或研究生，并选择合适的留学奖学金项目，如日本政府全额奖学金、日本文部科学省未来全球领袖拔尖大学（TOP GLOBAL UNIVERSITY）计划等。

提前准备申请材料和语言考试成绩，如成绩单、证书、推荐信、研究计划、自我介绍等，并需要通过语言考试，如JLPT（日本语能力考试）或TOEFL（托福考试）等。

申请公费留学

公费留学的申请人要向教育部提交申请，申请通过以后教育部会直接向申请人提供一定的留学费用。

公费留学的申请条件包括研究留学生、教师研修留学生和本科留学生，具体要求详见相关官方文件。

通过语言学校申请研究生

选择合适的语言学校，并通过语言学校申请研究生课程。语言学校提供升学辅导和签证服务，帮助学生更好地适应留学生活。

在语言学校学习期间，学生可以通过校内考试和面试直接申请目标大学的研究生课程。

参加免费日语课程

参加日本某些教育机构提供的免费赴日留学项目，如日本某日语教育学院提供的项目，学生可以实地感受日本文化、提升日语能力，并覆盖部分或全部学费。

对于已经在日本留学的国际学生，可以参加社区定期举办的由日本人志愿者运营的“日语教室”，这些课程通常不需要交学费或只需交纳少量的材料费。