保留学籍参军后入学的流程如下：

高校新生登记报名

高校新生在“全国征兵网”登记报名时，填写打印《应征入伍普通高等学校录取新生保留入学资格申请表》（以下简称“申请表”）一式两份，或到入伍地县级征兵办领取并填写《申请表》。

县级征兵办审核并寄送材料

县级征兵办将《申请表》加盖县级征兵办公章后，连同相关材料寄送到高校招生部门。

高校审核并办理保留入学资格手续

高校审核录取资格，办理保留入学资格手续，出具《保留入学资格通知书》（以下简称“通知书”）。《申请表》审核加盖学校公章后，连同《通知书》寄送至县级征兵办。

县级征兵办备案并通知高校新生

县级征兵办留存备案《申请表》，将《通知书》送交入伍高校新生。

退役后办理入学手续

入伍高校新生在退役后2年内，持《通知书》和高校录取通知书，到录取高校办理入学手续。原录取高校合并、撤销的，由省（区、市）教育行政部门安排转入同批次且与高考当年录取分数线相近的高校入学；原报考专业撤销的，由录取高校安排转入其他相近专业学习。

此外，关于在校生学籍保留流程如下：