在杭州，有几个地方可以办理日本留学签证：

西湖体育馆旁边的中青留学：

该机构办理效率较高，是杭州地区的一个选择。

浙江省对外交流服务中心：

地址在杭州市石函路1号，提供日本留学签证的办理服务。

日本签证申请中心：

可以通过这个机构办理签证，无需提前预约，办理周期相对较短。

建议选择上述机构中的一个进行办理，提前了解所需材料并预约，以确保签证申请过程顺利。