鲁迅留学日本的经费主要来源于 清政府发的留学官费。据记载，鲁迅在日本留学时，每个月可以领到33元官费。此外，鲁迅在南京水师学堂和南京路矿学堂学习期间，可能也获得了某种形式的资助或奖学金，但具体来源和数额没有详细记录。

综合以上信息，可以得出结论：鲁迅留学经费主要依赖清政府提供的留学官费，这在当时是较为罕见的情况，因为大多数读书人选择的是读书做官、做幕友或经商等传统道路。