当HR收到已经录取但拒绝来上班的回复时，可以采取以下方式进行回复：

尊敬的 [候选人姓名]，

感谢您对我们公司的兴趣并投递了您的简历。我们已经收到您的回复，很遗憾得知您决定不接受我们提供的职位。

我们非常理解您的决定，并且尊重您对其他机会或个人因素做出的考量。我们希望您能找到适合您的发展道路，并在未来的职业生涯中取得成功。

再次感谢您参与我们的招聘流程，祝愿您未来一切顺利。

最诚挚的问候，

[HR负责人姓名]

[公司名称] HR部门

这样的回复表达了对候选人的尊重和理解，并且传达了祝愿和感谢之意。同时，这也有助于保持良好的关系，留下积极的印象，以便将来可能的合作机会。