1. 定义不同：三方协议是由雇主、劳务派遣公司和劳务派遣员工之间签订的合同，而灵活就业协议是由用人单位和劳动者之间签订的合同。

2. 内容不同：三方协议主要涉及工作内容、工作时间、工资待遇、社会保险等方面的约定；而灵活就业协议则更加注重劳动者的自由度和灵活性，包括工作地点、工作时间、工作方式、薪酬待遇等方面的约定。

3. 法律效力不同：三方协议是一种合法的劳动合同形式，具有法律效力；而灵活就业协议则目前还没有明确的法律地位，属于一种灰色地带。

4. 适用范围不同：三方协议主要适用于劳务派遣公司与用工单位之间的合作，而灵活就业协议则适用于用人单位与劳动者之间的合作。