以下是2016年合肥公办本科院校的详细排名：

1中国科学技术大学 合肥市

2合肥工业大学 合肥市

3安徽大学 合肥市

4安徽师范大学芜湖市

5安徽理工大学淮南市

6安徽农业大学合肥市

7安徽医科大学合肥市

8安徽工业大学马鞍山市

9安徽财经大学蚌埠市

10淮北师范大学淮北市

11安徽中医药大学 合肥市

12安徽建筑大学合肥市

13安徽工程大学芜湖市

14合肥学院合肥市

15安庆师范学院安庆市

16合肥师范学院合肥市

17安徽科技学院滁州市

17蚌埠医学院 蚌埠市

19皖南医学院 芜湖市

20黄山学院黄山市

21阜阳师范学院 阜阳市

22皖西学院 六安市

23巢湖学院 合肥市

24滁州学院 滁州市

24淮南师范学院淮南市

26铜陵学院铜陵市

27宿州学院宿州市

28池州学院池州市

29蚌埠学院蚌埠