大分县内的主要大学是大分大学（Oita University），它是一所日本国立大学，拥有以下校区：

旦野原校区：位于大分市大字旦野原。

王子校区：位于大分市王子新町。

挟间校区：位于大分郡挟间町医大丘。

该大学提供包括教育学部、经济学部、工学部、医学部等多个本科院系，以及相应的研究科系。