根据提供的信息，南京的高校数量多于上海。具体来看：

南京共有51所高校，其中本科院校34所，高职高专17所。

上海共有64所高校，其中本科院校40所，高职高专24所。

尽管南京的高校数量多于上海，但上海和南京都各自拥有一系列著名的高等教育机构。例如，上海的著名高校包括复旦大学、同济大学、上海交通大学、华东师范大学等，而南京的著名高校则有南京大学、东南大学、南京师范大学、南京理工大学等。