截至2024年，东京大学的系主要包括以下几类：

本科系

法学部

医学部

工学部

文学部

理学部

农学部

经济学部

教养学部

教育学部

药学部

研究生系

人文社会系研究科

理学系研究科

数理科学研究科

教育学研究科

工学系研究科

新领域创成科学研究科

法学政治学研究科

农学生命科学研究科

情报理工学系研究科

经济学研究科

医学系研究情报学科

情报学环学际情报学府

综合文化研究科