对于想要申请日本留学的学生来说，选择哪个学历最好，需要根据自己的实际情况来决定。以下是一些建议：

本科生

申请条件：高中以上学历。

优势：申请门槛相对较低，适合高中在读或刚毕业的学生。日本本科教育分为四年制，部分学校提供六年制课程。本科阶段可以学习基础专业知识，为后续的研究生或博士阶段打下坚实基础。

硕士研究生

申请条件：本科学士学位。

优势：硕士学位在日本更受重视，更容易获得工作签证。研究生阶段的学习内容更加深入和专业，有助于提升学生的专业能力和竞争力。此外，申请研究生的竞争相对较小，部分国公立大学的竞争激烈程度较低。

博士研究生

申请条件：硕士学位。

优势：博士学位代表最高学术成就，在日本享有很高的声誉。博士阶段的研究内容更加专业和研究性，有助于学生在某一领域深入研究和创新。然而，博士阶段的申请竞争激烈，且通常需要有一定的研究基础和成果。

具体学校推荐

国公立大学

上智大学、 青山学院大学、 明治大学等，这些学校虽然排名高，但竞争激烈。不过，许多国公立大学学科设置丰富，学术底蕴深厚，且学费相对较低。

专门学校

提供各类职业教育和技术培训，申请条件通常为高中学历或同等学历，一般不需要通过EJU考试，日语能力要求达到N2及以上。

综合建议

根据自身条件选择：如果你已经完成了本科学业，可以考虑申请硕士研究生或博士研究生。如果你还没有完成本科学业，可以选择申请日本的大学本科。