清朝选择日本作为留学首选的原因主要包括：

留学成本低

日本的教育体制相对较新，学习成本低于欧美。

日本的生活费用和路费相较于欧美也更为经济。

文化接近

日本与中国有着相似的文化背景和语言，易于理解和适应。

政治体制类似

日本保留了君主制，与清朝的统治体制相似，减少了文化冲突和统治风险。

科技水平迅速提升

明治维新后，日本迅速吸收西方科技，成为亚洲强国。

政府支持

清政府为了学习日本的现代化经验，支持留学生前往日本。

留学政策鼓励

日本朝野对留学运动持欢迎态度，为留学生提供优惠条件。

甲午战争后的刺激

甲午战争后，清政府认识到需要学习日本的成功经验进行自我改革。

无需签证

当时去日本留学相对简便，只需船票，无需复杂的签证程序。

实用性

留学生在日本学习的专业集中在政治、军事、师范、医学等实用领域。

社会需求

清末社会对留学归来的知识分子有大量需求，日本成为了一个理想的目的地。

这些因素综合作用，使得日本成为当时中国学生留学的首选目的地