日本留学签证申请可能遇到的问题主要包括：

日语能力

签证官会询问关于日本文化、学习方面的基本问题，申请人需要具备一定的日语日常会话能力。

出国前至少需要具备日语能力四级水平。

学历

高中生主要看高考成绩，作为学习能力的一个重要参考标准。

留学动机

申请人需要阐述合理的留学动机，以证明有充分的理由在日本学习。

在留期间管理

办理签证时，需要注意在留期间的管理，包括及时续签和在留资格的变更手续。

若在留期间到期后希望继续在日本留学，必须办理延长或在留资格的变更手续。

出席率

若出席率不佳，可能会被视为不专心学习，影响在留期间的延长和在留资格的变更。

经济担保

金融机构担保金额需达到一定标准，通常建议二十万以上。

银行流水需要能清晰证明申请人有足够的自有资金。

签证申请流程

办理日本留学签证通常需要通过日本驻华使领馆指定的代办机构进行。

签证在领馆受理中，申请人可能需要借出护照。

签证结果

签证可能因各种原因被终止或拒绝，对未来的签证申请可能有不同程度的影响。

拒签后通常需要等待半年才能重新申请同类签证。

以上是申请日本留学签证时可能遇到的问题。建议在准备申请前详细了解并准备相应的材料和证明，以提高签证申请的成功率。