日本留学生回国时需要填写的主要文件包括：

出国申请单：

在离开日本前，在机场填写，用于出国的记录。

再入国申请单：

在回国前，在机场填写，用于下次回日本时的入境记录。

入境卡：

在进入日本时填写，用于记录你的入境信息。

申告单：

在进入日本时填写，用于申报携带的物品。

留学生回国证明：

部分情况下，可能需要提供，包括护照、签证、毕业证书、学校证明信、机票、留学生登记表和照片等材料。

请在回国前确保所有文件都已经正确填写并携带，以免在入境时遇到不必要的麻烦。