日本留学中介的申请费用通常包括以下几个部分：

中介服务费：

一般在1万元人民币左右。

境外服务费：

通常在3万元人民币左右。

其他费用：

可能包括语言学习费用、考试费用（如日语能力测试JTEST）、材料制作费、公证费和签证费等。

具体费用可能因机构、服务项目和地区有所不同。例如，申请语言学校可能免费，而本科或研究生申请费用可能在18,000至50,000元人民币之间，具体取决于申请的大学和项目。

需要注意的是，这些费用只是大致范围，并且可能受到市场变化和个别机构政策的影响。建议在选择留学中介服务时，详细了解各个机构提供的具体服务内容和费用明细，并考虑自己的预算和需求做出选择。