哈尔滨工程大学的博士留学费用如下：

全日制博士生学费：

40000元/年。

在职博士生学费：

2.5万元至5万元之间，具体费用取决于专业和研究方向。

直博生学费：

一般约为1.5万元左右，加上住宿费1200元/年，年度总费用大约在1.62万元左右。

建议直接咨询哈尔滨工业大学的官方渠道以获取最准确的信息，因为学费和政策可能会随时间有所变动。