留学日本的中介费用通常有以下几个档次：

免费申请语言学校：

中介可以通过语言学校获得佣金，因此可以为学生提供免费的中介服务。

申请本科/专业学校：

中介服务费大约在2万至3万元人民币左右。

申请硕士：

中介服务费通常在4万元人民币左右，其中约1万元为中介服务费，剩余近3万元用于帮助申请者联系导师。

此外，有些中介可能还会收取几千到一万元不等的中介费，或者从学生的学费减免和奖学金中抽取一定比例作为佣金。

需要注意的是，这些费用可能因中介公司的政策、服务内容以及市场情况有所变动。建议直接咨询具体的中介机构以获取最准确的信息