日本留学签证的费用如下：

基本签证费用

一次有效签证：人民币200元。

多次有效签证：人民币400元。

代办机构费用

如果委托代办机构办理，则另外加收200元。

其他相关费用

延长居留期限的手续费用，需在当地的入国管理局办理，具体费用未详细列出，但提到需要支付额外费用。

建议：

申请者可以根据自己的需求选择一次有效或多次有效签证，并考虑是否委托代办机构办理，以获取总费用。

注意，每年4月签证费用可能会根据汇率变化进行调整，建议提前了解并准备足够的现金支付。