上海交通大学信息安全工程学院的行政机构主要包括综合办公室，它是学院内部的通信中心，对外的交流平台，同时也是信息流通和决策支持的核心。综合办公室下设了几个关键部门:

行政办，作为学院的核心管理部门，负责财务和科研项目的日常管理，包括人事组织、师资队伍的建设，以及各类书报文件的收发和学院资产及实验室的维护工作。

教务办则承担着重要的教学职责，负责学生学籍的全面管理，包括课程设置、教学计划的安排，以及任课教师的课程管理和教材建设。此外，它还负责教学文件的制定和管理，确保教学工作的有序进行。

学生办专司学生事务，涵盖全面。它关注学生的生活和学习，管理全院学生的帮困和勤工助学活动，同时负责学生党团工作和政治思想教育，提供就业指导和生涯规划，还组织学生参与各类科技创新活动，积极推动校园文化建设。