马晶博士已先后主持了四项国家自然科学基金项目，并参与一项国家自然科学基金重点项目和两项国家科技部973课题。2003年获得中国化学会青年化学奖，2005年入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”，2008年获得第十一届霍英东教育基金会高等院校青年教师基金资助，2008年获得国家杰出青年基金资助及首届南京青年科技创新奖，2012年获第九届中国青年女科学家奖。

2013年4月,江苏省城镇妇女“巾帼建功”活动领导小组、江苏省妇女“双学双比”竞赛活动领导小组下发《关于表彰2011——2012年度江苏省城乡妇女岗位建功先进集体、先进个人的决定》，南京大学化学化工学院马晶教授榜上有名，荣获江苏省“巾帼建功标兵”称号。