唐克轩的学术生涯始于1985年，他毕业于中国四川大学生物系，专攻遗传学，并在此获得了学士学位。同年，他继续深造，于1988年在北京农业大学完成了作物遗传育种专业的硕士学位课程。

他的学术追求并未止步，1996年，他在英国Nottingham大学生命科学系攻读植物生物技术专业，成功获得了博士学位。这段时间，他将研究领域扩展至国际舞台，为他的学术道路增添了重要的一环。

自1996年2月至2003年8月，唐克轩在复旦大学生命科学学院遗传学研究所及遗传工程国家重点实验室担任职务，从副教授逐步晋升为教授，并成为博士生导师，显示了他在学术领域的深厚积淀和卓越贡献。

2003年9月，他转至上海交通大学农业与生物学院，开始了新的学术篇章。在那里，他担任院长、教授，同时担任博士生导师，领导植物生物技术研究中心，并与复旦大学和诺丁汉大学合作，共同担任植物生物技术研发中心主任，展现了他在学术管理与国际合作方面的卓越能力。